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1980年代中期以來,台灣海峽兩岸的漁民在海峽底部撈獲大量動物化石及少數人骨,兩地的動物化石基本上類似,其中以古菱齒象、徳氏水牛、四不像鹿的數量最多,這些動物群的年代經鈾系法測定大致在40000-10000B.P.之間,稱為「澎湖動物群」、「澎湖海溝動物群」或「台灣陸橋動物群」。在動物化石群中,同時發現人骨及帶有人工砍痕的四不像鹿角,這也許可以說明古代澎湖海溝附近曾經住著古人類,也許即為最早的「澎湖人」。

而目前的證據顯示,人類拓殖澎湖的最早年代,大約是在距今五千年前後全球性的大海退,在台灣發生的稱為「臺南海退期」,約從5000至4000B.P.。因為海退,台灣本島出現寬闊而多沼澤的海岸平原,吸引早先來到台灣的繩紋陶文化的居民向外開採,藉著沿台灣海岸航行和向外海延伸擴大生業區域,可能因此來到了澎湖群島。

澎湖群島地勢低平,在「臺南海進期」時,(約從6500至5000B.P.)大部分的土地可能都還在海平面下,但是,「臺南海退期」發生後,新的海階和沿海的珊瑚礁台露出水面。這片新生的海岸線上,特別是廣闊的潮間帶,必然有豐富的水生資源,也吸引了越來越多人從台灣來到澎湖,開啟澎湖群島人的篇章。(劉益昌:2001;臧振華:1992)










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